Max Biaggi aveva detto che la sua Honda finalmente lo lasciava soddisfatto: sabato ha confermato la buona sensazione di venerdì e ha centrato la pole position del GP del Pacifico. Con un ultimo giro sparato ha preceduto il sorprendente Makoto Tamada che con la Honda gommata Bridgestone ha sfruttato al massimo la perfetta conoscenza di Motegi.
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Valentino Rossi si è dovuto accontentare del terzo posto, mentre il rivale per il titolo Sete Gibernau, non al meglio della forma, è quarto. Qualifiche difficili per Loris Capirossi. L'imolese è scivolato con la sua Ducati dopo pochi minuti dall'inizio e ha costretto i meccanici a un lavoro da record per le riparazioni: è rientrato nel finale e ha spuntato un sesto posto dietro all'ottimo Nicky Hayden. Nono tempo per Marco Melandri con la Yamaha.
